Normalized Elution Time Prediction Utility

Normalized Elution Time Prediction Utility
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]


NET прогноза программа может быть использована для вычисления предсказания нормированного времени элюция (NET) значения для списка пептид последовательности. Предназначен для использования с обращенной фазой жидкостной хроматографии (например, с помощью C18 покрытой частицами кремнезема) анализируются и используются в нашей лаборатории для выравнивания LC-MS и LC-MS/MS наборов друг с другом (с помощью мастер-Silico ).

Программное обеспечение теперь расширена за счет включения Kangas / Petritis удержания алгоритмов времени прогноза для LC прогнозирования и удержания сильных обменных катионов (SCX) фракции прогнозирования (с использованием от 0 до 1 масштаб). Для прогнозирования доли SCX, у вас есть возможность использования SCX Prediction Utility, которая представляет собой вариант прогноза NET Utility и вычисляет предсказанные значения SCX фракций.

NET прогноза Utility читает пептиды из текстового файла, содержащего один пептид последовательности в каждой строке. Выходной файл содержит пептид последовательности плюс предсказанную остаточная стоимость (или прогнозируемую SCX стоимость) с использованием одного или всех алгоритмов прогноза:

Kangas/Petritis LC retention time model
Kangas/Petritis SCX fraction model
Krokhin hydrophobicity model
Mant hydrophobicity model

Ссылки:

Peptide retention time prediction in strong cation exchange chromatography using artificial neural networks. K. Petritis, L.J. Kangas, D. Lopez-Ferrer, M.E. Monroe, N. Jaitly, B.O. Petritis, H.M Mottaz, A.M. Mayampurath, R.A. Maxwell, J.N. Adkins, G.A. Anderson, M.E. Belov, M.S. Lipton, D.G. Camp, and R.D. Smith, Analytical Chemistry, (2009), submitted.

Improved peptide elution time prediction for reversed-phase liquid chromatography-MS by incorporating peptide sequence information. K. Petritis, L.J. Kangas, B. Yan, M.E. Monroe, E.F. Strittmatter, W. Qian, J.N. Adkins, R.J. Moore, Y. Xu, M.S. Lipton, D.G. Camp, II, and R.D. Smith, Analytical Chemistry, (2006), 78(14):5026-5039.
Abstract on PubMed

An improved model for prediction of retention times of tryptic peptides in ion pair reversed-phase HPLC: its application to protein peptide mapping by off-line HPLC-MALDI MS. O.V. Krokhin, R. Craig, V. Spicer, W. Ens, K.G. Standing, R.C. Beavis, J.A. Wilkins. Mol Cell Proteomics, (2004), 3 (9):909-919.
Abstract on PubMed

The Utility of Accurate Mass and LC Elution Time Information in the Analysis of Complex Proteomes. A.D. Norbeck, M.E. Monroe, J.N. Adkins, and R.D. Smith, Journal of the American Society for Mass Spectrometry ; (2005) 16, 1239-1249.
Abstract on PubMed

Advances in Proteomics Data Analysis and Display Using an Accurate Mass and Time Tag Approach. J.S. Zimmer, M.E. Monroe, W. Qian, and R.D. Smith. Mass Spectrometry Reviews, (2006), 25 (3):450-482.
Abstract on PubMed

Размер:1,1 Мв

Скачать(ссылка обновлена 12 ноября 2011 г):

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]