mMass - Open Source Mass Spectrometry Tool

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

mMass принадлежит к широкий семье программного обеспечения с открытым исходным кодом.
Она написана на Python языке, использует wxPython библиотеки графического пользовательского интерфейса и выпущен под лицензией GNU General Public License .

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Поддержка форматов

mMass поддерживает несколько масс-спектрометрических форматов, такие как mzData и mzXML . Масс-спектры или peaklist данные также могут быть легко импортированы из простых ASCII файлов, состоящий из двух столбцов (м / г значения и интенсивности), разделенных вкладкой, пробелом, запятой или точкой с запятой. Кроме того, есть поддержка родного данные Bruker Daltonic Flex документов Series.
Одной из популярных функций mMass является возможность открыть пустой документ и создать peaklist вручную.

Обработка данных

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Наконец, есть функции обработки данных, таких как автоматический сбор пиков, deisotoping, коррекция базовой линии и сглаживания.


Калибровка

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Два из них будут доступны для калибровки данных. Внутренняя калибровка является классическим методом калибровки,связанная с  использованием внутренних эталонных значений.
Статистическая калибровки, которую иногда называют самокалибровкой, является особым методом, доступным для пептидных масс-спектров.


Последовательность инструментов

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

mMass обеспечивает внутреннюю последовательность c помощью редактора. Любые изменения могут быть применены в качестве фиксированной или переменной. Protein Digest инструмент может быть использован для создания списка пептидов  в Silico . Кроме того, пептид фрагментация инструмент формирует список общих фрагментов пептида. В обоих случаях все возможные комбинации переменных  рассчитываются и результат может быть легко сопоставим с данными измерений.


Mass Calculator

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Mass Calculator инструмент может быть использован для моделирования изотопной структуры данной формулы и генерированием профиля спектра ,который можно легко сравнить с реальными данными.


Поиск

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Поисковый инструмент может быть использован для поиска любого указанного пользователем соединения в спектре. Каждое соединение определяется как молекулярная формула, поэтому оба моноизотопный или средней массы можно найти.


Пик различий

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Интерпретациямасс-спектров как правило, включает нескончаемым проверки различий между всеми пиками  в спектре. Однако Peak Differences tool может просто создать таблицу всех различий между пиками в peaklist. Эта таблица может быть использован для автоматического сравнения, в пределах допуска, каждое отличие от соответствующих масс всех аминокислот, рассчитанных дипептидов или заданного значения массы.


Поиск Mascot

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Хотя масс-спектрометрия является очень популярным инструментом для идентификации белков, оно не  возможно без инструментов в открытом доступе на on-лайн. MMass предоставляет интерфейс, который позволяет получать данные непосредственно направленые на три основных инструмента, доступные на сайте Mascot; Peptide Mass Fingerprint, Sequence Query and MS/MS Ion Search.


И многое другое ...

Официальный сайт: [Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]

Скачать version 3.2.0 for MS Windows(17,5 MB):

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]

For Mac OSX(32,6 MB):

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]

Здравствуйте, не подскажете как открывать файлы в программе. При открытии XML формата программа пишет - не тот формат. В чем проблема?

Уважаемый,Жаворонок
Всё верно-надо внимательно читать аннотацию к программе:

Она написана на Python языке...

С которым можно ознакомиться на нашем сайте :

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]

И скачать необходимые приложения для просмотра ваших файлов

СПС.