Decon2LS
Золотые купола химии :: Химический софт :: Программы для обработки результатов спектрального анализа
Страница 1 из 1
Decon2LS
Decon2LS: пакет с открытым исходным кодом программное обеспечение для автоматизированной обработки и визуализации данных с высокой разрешающей спектрометрией
Navdeep Jaitly1 , Anoop Mayampurath1 , Kyle Littlefield1 , Joshua N Adkins2 , Gordon A Anderson2 and Richard D Smith2
1
Environmental Molecular Science Laboratory, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, 99352, USA
2
Fundamental and Computational Sciences Directorate, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, 99352, USA
Аннотация
Фон
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]
Данные, полученные из жидкой хроматографии высокого разрешения масс-спектрометрии (LC-MS)-проведенных на базе биологического образца может содержать большое количество биологически значимой информации в виде белков, пептидов и метаболитов.
В этой статье мы опишем Decon2LS, пакет с открытым исходным кодом программное обеспечение для автоматизированной обработки и визуализации с высоким разрешением MS данных.Основаннная на обширных алгоритмах, разработанных за последние десять лет ICR2LS, Decon2LS пакет алгоритмов содержит богатый набор модулей, таких, как чтение исходных данных, рутинный поиск пика, теоретическое моделирования распределения изотопов и deisotoping.
Кроме того, Decon2LS предоставляет широкий набор средств визуализации, таких как высокий контроль графика работы.
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]
Результаты
Со множеством вариантов, которые включают пик активности, deisotoping, изотопный состав, и т.д., Decon2LS поддерживает обработку нескольких сырых форматов данных. Deisotoping могут быть выполнены по индивидуальному сканирования отдельных данных, или для нескольких наборов при пакетной обработке. Другие варианты обработки включают создание двумерной жидкостной хроматографии (LC) функции элюции времени, создание спектра файлов для тандема данных MS, создание общих хроматограмм интенсивности и визуализации теоретических профилей пептида. Применение Decon2LS к deisotope различных наборов данных полученных через различные инструменты дают большое количество функций, которые могут быть использованы для идентификации и количественной оценки пептидов в биологическом образце.
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]
Заключение
Decon2LS является эффективным пакетом программного обеспечения для обнаружения и визуализации функций в протеомике исследованиях, связанных с автоматизированной интерпретацией масс-спектров. Помимо того, она проста в использовании, быстра и надёжна.
Decon2LS исходный код, программу установки, и учебники можно скачать бесплатно на
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]
Загрузить программное обеспечение(4,6 Мв):
http://omics.pnl.gov/installers/Decon2LS_Installer.zip
Загрузить учебник:
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]
Загрузить исходный код(104 Мв):
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]
Navdeep Jaitly1 , Anoop Mayampurath1 , Kyle Littlefield1 , Joshua N Adkins2 , Gordon A Anderson2 and Richard D Smith2
1
Environmental Molecular Science Laboratory, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, 99352, USA
2
Fundamental and Computational Sciences Directorate, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, 99352, USA
Аннотация
Фон
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]
Данные, полученные из жидкой хроматографии высокого разрешения масс-спектрометрии (LC-MS)-проведенных на базе биологического образца может содержать большое количество биологически значимой информации в виде белков, пептидов и метаболитов.
В этой статье мы опишем Decon2LS, пакет с открытым исходным кодом программное обеспечение для автоматизированной обработки и визуализации с высоким разрешением MS данных.Основаннная на обширных алгоритмах, разработанных за последние десять лет ICR2LS, Decon2LS пакет алгоритмов содержит богатый набор модулей, таких, как чтение исходных данных, рутинный поиск пика, теоретическое моделирования распределения изотопов и deisotoping.
Кроме того, Decon2LS предоставляет широкий набор средств визуализации, таких как высокий контроль графика работы.
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]
Результаты
Со множеством вариантов, которые включают пик активности, deisotoping, изотопный состав, и т.д., Decon2LS поддерживает обработку нескольких сырых форматов данных. Deisotoping могут быть выполнены по индивидуальному сканирования отдельных данных, или для нескольких наборов при пакетной обработке. Другие варианты обработки включают создание двумерной жидкостной хроматографии (LC) функции элюции времени, создание спектра файлов для тандема данных MS, создание общих хроматограмм интенсивности и визуализации теоретических профилей пептида. Применение Decon2LS к deisotope различных наборов данных полученных через различные инструменты дают большое количество функций, которые могут быть использованы для идентификации и количественной оценки пептидов в биологическом образце.
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]
Заключение
Decon2LS является эффективным пакетом программного обеспечения для обнаружения и визуализации функций в протеомике исследованиях, связанных с автоматизированной интерпретацией масс-спектров. Помимо того, она проста в использовании, быстра и надёжна.
Decon2LS исходный код, программу установки, и учебники можно скачать бесплатно на
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]
Загрузить программное обеспечение(4,6 Мв):
http://omics.pnl.gov/installers/Decon2LS_Installer.zip
Загрузить учебник:
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]
Загрузить исходный код(104 Мв):
[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]
кардинал- Модератор
- Сообщения : 1920
Дата регистрации : 2009-08-10
Место жительства : Из далека...
Золотые купола химии :: Химический софт :: Программы для обработки результатов спектрального анализа
Страница 1 из 1
Права доступа к этому форуму:
Вы не можете отвечать на сообщения
|
|
Ср Июн 12, 2024 11:53 am автор Шалкар
» Программа Изоляция
Пт Янв 19, 2024 8:57 pm автор dadiz
» Помогите найти программу!
Ср Ноя 08, 2023 4:05 pm автор Amatar
» Чертков И.Н. и др.Самодельные демонстрационные приборы по химии
Пн Ноя 06, 2023 12:58 pm автор кардинал
» М.Склодовская-Кюри.Радій и радіактивность
Сб Июн 03, 2023 5:00 pm автор Admin
» Урбанский Т.и др.Пиротехника. Сборник книг (1956-2011)
Сб Июн 03, 2023 4:47 pm автор Admin
» HyperChem
Вс Мар 26, 2023 1:25 am автор bioshok_15@mail.ru
» мочевина
Сб Мар 11, 2023 6:34 am автор mariyana
» Централизованное тестирование. Химия. Полный сборник тестов.2006-2013 года
Чт Мар 02, 2023 10:29 am автор Admin
» Авторская программа Соболевой А.Д.Химический лицей.Семинары по органической химии.Тесты заданий.11 класс
Вт Ноя 29, 2022 4:23 am автор Svetlanat
» Склодовская-Кюри М." Изслъедованія надъ радіоактивными веществами"
Вс Июл 03, 2022 8:20 pm автор Dalma
» Гемпель К.А. Справочник по редким металлам
Вс Июл 03, 2022 7:59 pm автор Dalma
» Т.К. Веселовская и др. "Вопросы и задачи по органической химии" под ред.:Н.Н.Суворова
Пт Июн 24, 2022 5:22 pm автор Admin
» Оржековский П.А.и др.ЕГЭ 2015, Химия, Сборник заданий
Вс Янв 16, 2022 7:50 pm автор Admin
» XPowder
Сб Авг 14, 2021 8:02 pm автор Admin
» Формулы Периодического Закона химических элементов
Ср Фев 17, 2021 8:50 am автор sengukim
» Macromedia Flash 8-полный видеокурс
Пт Янв 08, 2021 6:25 pm автор braso
» Ищу "Химический тренажер" Нентвиг, Кройдер, Моргенштерн Москва, Мир, 1986
Пн Апр 27, 2020 7:41 pm автор ilia1985
» Штремплер Г.И.Часть 6. Тесты. Химические реакции
Пт Мар 13, 2020 9:40 pm автор Admin
» Пак Е.П.Проверочные работы по химии 8 класс
Вс Янв 26, 2020 9:34 pm автор эл
» Сказка "Король «Бензол»"
Вт Янв 07, 2020 6:36 pm автор эл
» ПОМОГИТЕ С РЕАКЦИЕЙ, ПОЖАЛУЙСТА
Сб Авг 31, 2019 2:08 pm автор Admin
» помогите определить вещество
Сб Авг 31, 2019 1:33 pm автор Admin
» The Elements Spectra 1.0.6 - Русская версия
Ср Авг 01, 2018 11:19 pm автор Admin
» Строение вещества
Пн Апр 23, 2018 2:53 pm автор эл
» Лурье Ю.Ю. - Справочник по аналитической химии
Вс Мар 25, 2018 5:42 pm автор АлисаМалиса
» Видеоурок по химии.Мыло и моющие вещества
Сб Мар 24, 2018 11:14 pm автор vella
» задача
Пн Мар 19, 2018 7:10 pm автор Tem
» превращения веществ
Пт Мар 16, 2018 4:10 am автор Кщьштштш
» Задачка по химии
Чт Мар 15, 2018 4:53 pm автор Sanchous
» Генрих Штремплер.Видео "Учебный эксперимент по химии"
Ср Янв 17, 2018 2:52 am автор Генрих Штремплер
» Генрих Штремплер.Видео "Учебный эксперимент по химии"
Ср Янв 17, 2018 2:49 am автор Генрих Штремплер
» Нижник Я.П.Лекция 11 "Альдегиды и кетоны"
Чт Янв 11, 2018 11:42 pm автор vella
» Нижник Я.П. Лекция №4: "Непредельные углеводороды.Алкены"
Чт Янв 11, 2018 11:37 pm автор vella
» Нижник Я.П.Лекция 5 .Алкадиены и алкины
Чт Янв 11, 2018 11:34 pm автор vella
» Нижник Я.П.Лекция 7. Арены-ароматические углеводороды
Чт Янв 11, 2018 11:30 pm автор vella
» Нижник Я.П.Лекция 8:"Галогенпроизводные углеводородов"
Чт Янв 11, 2018 11:26 pm автор vella
» Нижник Я.П.Лекция 9:"Спирты"
Чт Янв 11, 2018 11:23 pm автор vella
» Нижник Я.П.Лекция 10 :"Фенолы.Простые эфиры"
Чт Янв 11, 2018 11:19 pm автор vella
» Нижник Я.П. Лекция №3 "Углеводороды.Алканы"
Чт Янв 11, 2018 11:14 pm автор vella
» Нижник Я.П.Лекция 6.Циклические соединения
Пн Янв 08, 2018 6:41 am автор Likia
» Строение атома.
Сб Дек 30, 2017 11:33 am автор vella
» превращения веществ
Сб Окт 14, 2017 8:47 pm автор dbnzq1
» Хочу найти ответ на свой вопрос в старых темах
Сб Окт 14, 2017 8:43 pm автор dbnzq1
» "Интеграл" серия - "Эколог"
Чт Окт 12, 2017 12:53 pm автор sherzatikmatov
» Академия занимательных наук.Химия(часть 47).Химический источник тока. Процесс электролиза.
Чт Окт 12, 2017 3:41 am автор Irino4ka
» Научный проект:"Радуга химических реакций"
Чт Окт 12, 2017 2:09 am автор Irino4ka
» Онлайн калькулятор определения степеней оксиления элементов в соединение
Сб Сен 16, 2017 10:58 am автор кардинал
» MarvinSketch 5.1.3.2
Пн Сен 11, 2017 5:26 pm автор кардинал
» Carlson.Civil.Suite.2017.160728
Вт Июл 18, 2017 6:42 pm автор кузбасс42