Decon2LS

Decon2LS: пакет с открытым исходным кодом программное обеспечение для автоматизированной обработки и визуализации данных с высокой разрешающей спектрометрией

Navdeep Jaitly1 , Anoop Mayampurath1 , Kyle Littlefield1 , Joshua N Adkins2 , Gordon A Anderson2  and Richard D Smith2

1  
Environmental Molecular Science Laboratory, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, 99352, USA

2  
Fundamental and Computational Sciences Directorate, Pacific Northwest National Laboratory, Richland, WA, 99352, USA

Аннотация

Фон

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Данные, полученные из жидкой хроматографии высокого разрешения масс-спектрометрии (LC-MS)-проведенных на базе биологического образца может содержать большое количество биологически значимой информации в виде белков, пептидов и метаболитов.
В этой статье мы опишем Decon2LS, пакет с открытым исходным кодом программное обеспечение для автоматизированной обработки и визуализации с высоким разрешением MS данных.Основаннная на обширных алгоритмах, разработанных за последние десять лет ICR2LS, Decon2LS пакет  алгоритмов  содержит богатый набор модулей, таких, как чтение исходных данных, рутинный поиск пика, теоретическое моделирования распределения изотопов и deisotoping.
Кроме того, Decon2LS предоставляет широкий набор средств визуализации, таких как высокий контроль графика работы.

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Результаты

Со множеством вариантов, которые включают пик активности, deisotoping, изотопный состав, и т.д., Decon2LS поддерживает обработку нескольких сырых форматов данных. Deisotoping могут быть выполнены по индивидуальному сканирования отдельных данных, или для нескольких наборов при  пакетной обработке. Другие варианты обработки включают создание двумерной жидкостной хроматографии (LC) функции элюции времени, создание спектра файлов для тандема данных MS, создание общих хроматограмм интенсивности и визуализации теоретических профилей пептида. Применение Decon2LS к deisotope различных наборов данных полученных через различные инструменты дают большое количество функций, которые могут быть использованы для идентификации и количественной оценки пептидов в биологическом образце.

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Заключение

Decon2LS является эффективным пакетом программного обеспечения для обнаружения и визуализации функций в протеомике исследованиях, связанных с автоматизированной интерпретацией  масс-спектров. Помимо того, она проста в использовании, быстра и надёжна.
Decon2LS исходный код, программу установки, и учебники можно скачать бесплатно на

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]


Загрузить программное обеспечение(4,6 Мв):

 http://omics.pnl.gov/installers/Decon2LS_Installer.zip

Загрузить учебник:

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]

Загрузить исходный код(104 Мв):

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]