VIPER

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Viper (визуальный осмотр Peak / ЭЛЮЦИИ отношений) может быть использована для визуализации и для анализа особенностей обнаруженных во время LC-MS анализа. Он предназначен прежде всего для обработки deisotoped данных из документов высокой точности измерения массы (например, FT, TOF, или Orbitrap) и сравнения особенностей найденых в списке и ожидаемых пептидов (AKA массовых и время (MT) тэгов), как это практикуется в AMT Тег подходе (см. Zimmer, Monroe, Qian, & Smith, Mass Spec Reviews, 2006, 25, 450-482). Программное обеспечение позволяет отображать данные в виде двумерного участка спектра чисел (т.е. времени элюции) vs массовой информации. Она может читать данные из MS форматов файлов:. PEK,. CSV (Decon2LS формат),. MzXML, и. MzData. См. также в файле Readme.txt установленных с VIPER для получения дополнительной информации о различных форматов файлов. VIPER работает на компьютерах с Windows и требует Microsoft Access,которая должна быть установлена для создания и редактирования базы данных МТ тег. Для просмотра масс-спектров от сырых файлов данных (например, термоэлектронной (т.е. стиль Finnigan). исходные файлы), вам также необходимо установить ICR-2LS, приведенный выше.

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

"Извлечение данных и анализ для LC-MS основе протеомики" сессий в 2007 и 2008 годах США HUPO конференция обсудила вопрос об использовании для обработки VIPER к примеру LC-MS и соответствующие наборы данных для базы данных тегов AMT.
Исследования представлены слайдами доступными для скачивания как 5 MB PDF файл (2007) и 6,5 MB PDF файл (2008). См. также открытые исходные файлы для точной массы и времени (AMT) Tag протеомики , представленном Navdeep Jaitly ASMS в 2006 году. .\
И наконец, файл справки в формате PowerPoint можно также получить. Отметим также, что программное обеспечениеMTDB Creator software может быть использована для создания АМТ тега баз данных в файл формата Microsoft Access.

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

Исходный код для VIPER довольно большой, но включает в себя разумные суммы в код документации. Если вы сделаете какие-либо улучшения в алгоритмах используя Viper, мы хотели бы призвать Вас прислать обновленный код нам на [Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку].
Прочитайте записку с описанием VIPER Монро Э. ET. Al. 2007. Биоинформатики 23 (15) :2021-2023 (аннотация на PubMe

Загрузить программное обеспечение(12,5 Мв):

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]

Загрузить исходный код(7.9 МВ):

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]