Visual Cloning 2000.Первый опыт работы с Visual Cloning

Возможности Visual Cloning 2000§ Возможности Visual Cloning 2000
Первый опыт работы с Visual Cloning
Visual Cloning – работаем с Интернет

Игорь Хмельков


В последнее время появились некоторые программы, использующие технологию XML (Extensible Markup Language) и ориентированные на специалистов, работающих в области молекулярной биологии и генетики. Visual Cloning 2000 компании Redasoft Corporation - это первый инструмент, о котором хотелось бы рассказать.

Обзор возможностей программного продукта Visual Cloning 2000 подготовлен по материалам, опубликованным на сайте Redasoft Corporation (http://www.redasoft.com). Фактически все описанные возможности (за исключением заказа праймеров) проверены на практике.


Исключительная графика

Visual Cloning 2000 позволяет достаточно просто создавать и в значительной степени модифицировать геномные карты, обеспечивая при этом графические возможности, недоступные для других подобных программах.


Расширенные возможности редактирования

Только Visual Cloning позволяет создавать и манипулировать одновременно несколькими картами на одной странице. Можно совмещать кольцевые и линейные карты, с нуклеотидными последовательностями или без. Visual Cloning реализует принцип WYSIWYG (What You See Is What You Get), и, таким образом, можно работать с изображением в том виде, в котором оно может быть выведено на печать. Геномные карты можно легко масштабировать.

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]


Если необходимо создать карту, которая должна быть полной копией существующей, нет нужды начинать с ввода необработанной последовательности, достаточно воспользоваться операцией copy&paste (копирования и вставки), а затем выполнить необходимые манипуляции.


Автоматическое построение и модификация изображениий

Visual Cloning минимизирует работу, необходимую для построения карт профессионального качества. Программа автоматически позиционирует регионы, маркеры и метки так, чтобы они не перекрывались и не наезжали друг на друга. Это делается без потери возможности последующей модификации карты.

Можно изменить практически все, начиная от размера карты, до направления регионов, их толщины и цвета. Как для кольцевой карты, так и для линейной можно свободно перетаскивать регионы.

Когда размер кольцевой карты увеличивается, метки перемещаются, компенсируя изменение размера изображения и не нужно тратить время на их репозиционирование.


Множественное выделение

Режим множественного выделения, реализованный в Visual Cloning 2000, позволяет одновременно позиционировать и изменять параметры сразу нескольких объектов. Объекты могут выделяться последовательно или при перемещении специальной рамки. Можно очень точно выравнивать объекты или равномерно размещать в горизонтальном или вертикальном направлении.


Редактирование по месту

Можно редактировать текст меток и маркеров прямо по месту их размещения. Это позволяет экономить драгоценное время, не обращаясь к специализированному меню.


Панель стилевого оформления

Только Visual Cloning оснащен панелью стилевого оформления, которая обеспечивает настройку фонтов, размеров, стилей и цветовой гаммы простым кликом мыши. Можно даже изменить цвет сразу нескольких выделенных объектов.


Простота публикации

Visual Cloning обеспечивает простоту экспорта карт в другие программы. Можно копировать карты в clipboard и помещать их в другие программы в векторном формате (Enhanced Metafile), при этом качество изображения ограничивается только разрешением экрана или принтера. Формат Enhanced Metafile хорошо работает в таких программах как Microsoft Word или Microsoft PowerPoint.

Есть возможность вклеивать или сохранять карты в формате BMP, который может быть загружен, например, в Adobe Photoshop. Если необходимо опубликовать карту на Web, BMP легко конвертируется в gif или jpg файлы.

Когда необходима хорошая графика, Visual Cloning – это наилучший вариант из доступного программного обеспечения.


Исчерпывающая web-интеграция

В Visual Cloning интегрирован Web-браузер, который можно использовать для подключения к внешним базам данных, подобным NCBI.


Импорт последовательностей из Web

Visual Cloning позволяет создавать карты из любых последовательностей, находящихся в публичном доступе. Если удалось найти соответствующую последовательность в on-line базе данных, ее можно легко превратить в полностью откомментированную и маркированную карту нажатием клавиши "Import".


ResearchNet

Есть возможность использовать встроенный браузер для подключения к порталу ResearchNet компании Redasoft. Портал обеспечивает доступ к таким on-line инструментам, как Cloning Vector Search Engine, ExPASy proteomics, база данных по протоколам экспериментов "DoubleTwist".


Заказ ферментов и праймеров в on-line режиме

Visual Cloning помогает не только в анализе и поиске сайтов рестрикции и праймеров. Можно заказать рестриктазы и праймеры в режиме on-line, не покидая программы. Такое объединение сервисов на текущий момент является единственным в своем роде.


Предпочтения

Как и в обычном браузере, в Visual Cloning можно сохранить список избранных Web-сайтов и не набирать URL вручную.


On-line поддержка

Интегрированный web-браузер обеспечивает возможность доступа к help-системе Visual Cloning, размещенной на web-сайте компании Redasoft, где, кроме обычной справки можно узнать о последних обновлениях программы, послать вопросы или комментарии.


Расширенный рестрикционный анализ

Интегрированный инструментарий рестрикционного анализа позволяет искать сайты рестрикции используя более 1000 ферментов из базы данных REBASE.


Возможности поиска

Можно просканировать последовательность используя все рестриктазы, подмножество коммерчески доступных рестриктаз или предопределенный набор ферментов (например, имеющихся в лаборатории). Кроме того, выборка может быть сформирована при помощи фильтров по любой комбинации из следующих факторов:
Частота рестрикции;
Размер региона узнавания;
Тип концов результирующих последовательностей;
Размещение сайтов на генетической карте.



Результат поиска

Для каждого найденного сайта рестрикции будут показаны название рестриктазы, расположение сайта на карте, последовательность узнавания и тип получающихся концов.

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]
Вывод графического результата

На генетическую карту можно поместить все или только определенные (выбранные) сайты рестрикции.


Заказ рестриктаз

Как уже говорилось, Visual Cloning – это единственное в своем роде приложение, обеспечивающее как возможности рестрикционного анализа, так и заказ необходимых рестриктаз в режиме on-line. Не покидая программы, можно получить перечень доступных ферментов, просмотреть их свойства и оформить заказ.


Смотри также:
/ссылки на сетевые ресурсы/


-- как прислать био-картинку --



Поиск открытых рамок считывания (ORF's)

Данный сервис позволяет искать в последовательности открытые рамки считывания (ORF's).


Возможности поиска

В качестве параметров поиска можно задать минимальное количество кодонов в ORF's, выбрать стартовый кодон, определить используемый генетический код и наложить ограничения на перекрытие ORF's.


Результат поиска

В результате поиска для каждого найденного ORF будут показана соответствующая последовательность, стартовый и концевой сайты, длина (в "bp" и аминокислотах), молекулярная масса и аминокислотная последовательность.

Все найденные или указанные произвольно ORF's могут быть отображены на генетической карте.

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

On-line анализ

C Visual Cloning можно забыть о копировании и помещении белковых последовательностей в различные on-line инструменты. Программа Visual Cloning готова выполнить эту работу за нас. Можно отослать аминокислотную последовательность выбранного фрейма в ResearchNet, быстро растущий ресурс инструментов для on-line анализа последовательностей.


Дизайн праймеров

Для обеспечения этой функции в состав Visual Cloning включено программное обеспечение, разработанное в Whitehead Institute for Biomedical Research.


Возможности поиска

В Visual Cloning предусмотрен набор параметров (с удобными первоначальными установками) для поиска праймеров. Значения параметров можно менять в соответствии с задачей эксперимента. Кроме того, можно выбирать целевые фрагменты для амплификации или гибридизации и задавать количество вариантов праймеров, которые программа должна вернуть в качестве результата.


Результаты поиска

Для каждого найденного праймера программа показывает следующие параметры: направление, стартовую позицию, длину (в основаниях), температуру плавления, GC%, последовательность праймера и статистическую комплементарность. Результаты поиска могут быть представлены графически на генетической карте.

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]
айденные праймеры могут быть заказаны в режиме on-line. Это можно сделать, не покидая программы, и не используя операции копирования и вставки последовательностей.


Представление последовательностей

Visual Cloning обеспечивает возможность представления последовательности карты. Можно настроить представление, выбрав между десятью и тремя основаниями на один блок, указать количество блоков в строке, а также включить или выключить вывод комплементарной последовательности.

Новые конструкции можно создавать в режиме виртуального клонирования. Есть возможность выделить и копировать регион какой-либо последовательности в clipboard. Копированная последовательность может быть затем вставлена в другую карту или использована для построения новой карты.


Поиск суб-последовательностей

Возможности поиска

Для поиска можно выбрать полную последовательность генетической карты или специфический регион. Предусмотрена возможность конвертирования последовательности.


Результаты поиска

Для каждой найденной последовательности показываются ее направление, стартовый и концевой сайты. Результат может быть представлен графически.


Интуитивно понятный интерфейс

Компания Redasoft выбрала название Visual Cloning для своего продукта, чтобы подчеркнуть возможности графического интерфейса и простоту использования программы.


Вертикальная панель инструментов

Вертикальная панель инструментов, размещенная в левой части окна программы, обеспечивает вызов основных инструментов Visual Cloning однократным нажатием клавиши мыши.


Верхняя панель окна программы (Top-pane)

Для каждого из режимов просмотра последовательности, рестрикционного анализа, поиска открытых рамок считывания, поиска праймеров и, наконец, поиска в суб-последовательностях в верхней части окна программы открывается своя панель. При этом графическое изображение карты остается доступным пользователю, и на нем отображаются результаты поиска в соответствующем режиме.


Импорт последовательности из Интернет

В Visual Cloning очень удачно реализован импорт последовательностей из Web. Нужно всего лишь открыть последовательность во встроенном Интернет-браузере и нажать на клавишу "Import" на соответствующей панели инструментов.


Меню по правой клавише

По клику правой клавиши в Visual Cloning можно вызвать контекстно-зависимое меню, что, повышает эффективность работы с геномными картами. Правый клик на карте, регионе, маркере или метке показывает, какие опции доступны для работы с этими объектами.


Эти же материалы в формате MS Word можно забрать на сайте WETWARE