ARP/wARP v 7.1

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть это изображение]

ARP/wARP -это программный проект, для автоматического построения модели белка и уточнения его структуры.
В его основу положен единый подход к процессу решения структуры путём объединения плотности электронов, интерпретация с использованием концепции гибридной модели, распознавание образов в карте плотности электронов и максимального правдоподобие параметров модели с REFMAC уточнениями.
ARP/wARP программное обеспечение находится в процессе постоянного развития.


Ее нынешний релиз версии 7.1 имеет следующие возможности:

1. Автоматизированное отслеживание  белковой цепи  на карте плотности и модели   (GUI modules ARP/wARP Classic, ARP/wARP Expert System, command line modules auto_tracing.sh and auto_flex_warp.sh).
Программа строит полипептидные фрагменты (как основные, так и боковых цепей) для случаев MR решения или MAD/M(S)IR(AS) фаз. Классические и auto_tracing.sh модули используют заранее определенное количество циклов для обновления модели, уточнения и отслеживания цепочки, а экспертная система и auto_flex_warp.sh определит последовательность.

2.Автоматизированные  альфа-спиральные и beta-stranded фрагменты  (GUI module ARP/wARP Quick Fold, command line module auto_albe.sh).. Это винтовые конструкции и бета-beta-stranded полипептидные фрагменты (основной цепи и CB атомов)  с низким разрешением плотности карты. Поэтапное рентгеновские данные до 4,5 Å резолюции или более не требуется.

3.Строительство и уточнение реального пространства боковых цепей для полипептидых моделей(GUI модуля боковых цепей). Это позволяет сохранить основные атомы цепи ввода модели нетронутыми. Эта программа практически не зависит от данных разрешения .

4.Прототип программного обеспечения для создания поли-нуклеотидных фрагментов ДНК или РНК (GUI module ARP/wARP DNA/RNA, command line module auto_nuce.sh).

5.Строительство связанных лигандов (GUI модуль ARP/wARP лиганды, командная строка модуля auto_ligand.sh).

6.Строительство структуры растворителя (GUI модуля ARP/wARP  растворителей, командная строка модуля auto_solvent.sh).

Официальный сайт: [Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]

Ссылки обновлены 9 сентября 2013 г.

Скачать для Mac OS(90,8 Мв):

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]

Скачать для Linux(204,8 Мв):

[Вы должны быть зарегистрированы и подключены, чтобы видеть эту ссылку]